Der Flüchtlingsrat Thüringen e.V. hat sich im Frühjahr 1997 als Zusammenschluss aus Interessierten und Tätigen aus Kirchen, Menschenrechtsgruppen, Gewerkschaften und Parteien sowie im Flüchtlingsbereich Engagierten gegründet. Ausschlaggebend für die Gründung des Vereins war der Wunsch nach einem Netzwerk für die Flüchtlingsarbeit in Thüringen.